Str@nnik, Ну как вариант решения в лоб - прикрутить костыль в виде проверки типа "это аякс запрос?" если да то возвращаем токо сообщения, иначе - подключай шапку и футер.
Второй - если уж пишешь на аяксе, то как на счет pjax? Жмешь на 2 страницу а оно тебе сразу сообщения в низ подгрузит без перезагрузки.
Ну и 3 вариант - для чата написать отдельную постраничку которая будет учитывать сообщения которые появились после загрузки страницы.
Ну а я бы советовал вообще забить на аякс ибо он не подойдет для чата, сервер упадет при онлайне в 80 чел (проверено на 2х1.4 ггц интел атом, 2гб озу, при том что не все 80 юзали чат одновременно)
лучше смотри в сторону комет сервера - лонг полинг, websocket.io , sockjs, в общем - nodeJS твое решение