При грамотном написании скрипта на файлах будет быстрее и менее напряжно для сервера, та же Война и мир по весу метра 2 весит , если даже забыть об чистке памяти, пхп само почистит, и большую книгу могут читать много человек одновременно, прочитал, отдал, почистил, по времени будет быстрее, есть конечно и неудобства, по сути та же работа с файлами, только для бд их три, вместо одного в варианте на файлах. Хост обычно ставит лимит на общий вес бд . Но опять же все зависит от того что заливать, и разбивку сделать на файлах не так и сложно