Здраствуйте, Алая.
То что вы стремитесь к красивому коду, а самое главное к валидности - очень хорошо. Я в свое время тоже этим заразикся. С работами AlkatraZ'a я знаком очень давно, с лета 2007ого, когда увидел его xHTML модификацию мотора. Прочитав спецификацию xHTML, сразу "вьехал" в синтаксис, и вообще, правильно писать html код как-то приятно xD
А теперь, к теме.
Нашли из-за чего спорить ;) xHTML (который используется у вас на сайте) и xHTML Mobile (который использует JohnCMS) по сути одно и то же, но рассчитаны на разные сайты: первое подойдет для веб сайтов, второе - исключительно для вап.
Как алькатраз говорил, валидатор от w3c.org плохо работает с xHTML мобайл, а ready.mobi как раз для этой разметки и создан. К тому же, он умеет давать советы к оптимизации вашего сайта.