echo '<div id="ff"></div>';
echo '<script language="JavaScript" type="text/javascript">
$(document).ready(function(){
$("#ff").append(\'<input type="file" id="files" name="upload_file"/>\');
});
</script>';
$("#files").remove();
$("#ff").append(\'<input type="file" id="files" name="upload_file"/>Убрал <br/> и заменил span на div чтобы после выгрузки очередного файла, не добавлялся лишний перенос строки.