Для начала рекомендую поставить утилиту mysqltuner которая дает наиболее внятные рекомендации.
После установки перезагрузи MySQL и погоняй сутки в "боевой" нагрузке. Через сутки запусти mysqltuner и он тебе порекомендует, что надо подкрутить в настройках.