Я лично и сам время т времени запускаю чекдиск, если натыкаюсь на явно поврежденный файл, который даже удалить не получается, прогоняю все дички этой утилитой. И у меня ни когда не было, что бы чекдиск сканировал при каждом запуске, ну разве что если не дать сразу проверить диск, тогда чекдиск будет сканировать при другом запуске и так далее, пока проверка не будет полностью завршена.